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Des arbres à taxons pour lestaxinomes.org

samedi 23 juin 2012, par b_b

Il y a un peu plus d’un an j’ai découvert la librairie JIT et collé une petite démo de son utilisation sur les taxinomes.org.

Pour la V2 des taxinomes on envisage de faire un bel arbre des taxons. Voici quelques liens en vrac à ce sujet :

Des liens à propos de la lib D3.js :

OneZoom is committed to heightening awareness about the diversity of life on earth, its evolutionary history and the threats of extinction. This website allows you to explore the tree of life in a completely new way : it’s like a map, everything is on one page, all you have to do is zoom in and out. OneZoom also provides free, open source, data visulation tools for science and education, currently focusing on the tree of life.
http://www.onezoom.org/index.htm

Peut être du code à pomper dans le dépôt de ce projet qui utilise JIT (pas trouvé de démo d’utilisation du code en question en ligne).
http://code.google.com/p/laa-biodiversitydatadigitizer/source/browse/trunk/bdd/js/jit/taxon.spacetree.js?r=592

Il existe des specs pour définir le contenu d’un arbre phylogenetique :

JavaScript library for parsing the Newick format.
https://github.com/jasondavies/newick.js

Drawing Trees in Canvas
http://www.codediesel.com/javascript/drawing-trees-in-canvas/

Another tree drawing demo
http://seb.ly/demos/5_Tree-robo-anim.html

D’autres solutions avec D3

http://prcweb.co.uk/lab/d3-tree/

http://bl.ocks.org/mbostock/4063550

http://bl.ocks.org/norrs/2883411